2008年3月11日，国务院第六次机构改革方案出台，组建环境保护部，成为国务院组成部门之一，原国家环境保护总局不再保留。

近年来，为破解环境执法迷局，环保系统扩权呼声一再高昂，从组建环境部到环保系统垂直管理，一直颇具争议。争议之中，作为调和，环保总局成立了六大环保督察中心，亦不时有各地传出一定范围内的垂直管辖，而具体效果仍有待检验。其根结，仍在于如何平衡环境保护与经济发展之关系，较强势的环境执法被认为会阻碍经济发展而阻挠重重，这从新通过的《水污染防治法》也可以看出，被视为可改变环保执法疲软状态而备受推崇的“按日计罚”措施甚至连修订草案都未能进入，也进一步说明了环保执法仍任重道远。

但无论如何，环境保护部已无可避免的成立了，抛开批评的声音不说，这一举措一方面彰显国家对环境保护的重视与决心，另外也能为更有力的环境执法提供支持，如直接参与国务院决策，等等。但未来实效如何，仍需我们拭目以待。